Одним из основных направлений деятельности органов ГПУ-ОГПУ являлся оперативный учет (регистрация). Его одновременно вели Отдел центральной регистратуры Секретно-оперативного управления, созданный в марте 1922 г. на базе регистрационно-статистического отделения Оперативного отдела, Особый отдел и местные секретно-оперативные части. Учету подлежали бывшие дворяне, купцы, помещики, владельцы предприятий, офицеры, священнослужители, члены небольшевистских партий, лица, имевшие судимость, а также независимо от места работы уличенные или заподозренные в политической неблагонадежности лица, включая руководящий состав гражданских и военных учреждений.

Отдел центральной регистратуры вырабатывал и вводил единые принципы учета для подразделений ОГПУ. С конца 1920-х годов, помимо учета персональных сведений о конкретном лице, проводилось выявление и внесение дополнительных компрометирующих сведений.

В 1931 году согласно «Инструкции по учету и агентурной разработке антисоветских и контрреволюционных элементов» были введены единые формы оперативного учета: агентурное дело, дело-формуляр, учетная карточка. Подлежавшие учету граждане дифференцировались на две категории: под литерой «А» (основной учет) проходили агентурные дела (по организациям, группам или лидерам небольшевистских партий) и дела-формуляры (на одного человека), которые заводились на лиц, считавшихся наиболее опасными; под литерой «Б» (предварительно-вспомогательный учет) - учетные карточки на лиц, сведения о которых поступали впервые. Снятию с оперативного учета подлежали граждане, завербованные органами ОГПУ.

Еще в начале января 1921 г. была создана служба радиоразведки и позднее контрразведки, которую осуществляли Специальный отдел при ВЧК и Реввоенсовет. В 1922 г. радиостанция, помимо уже существовавших в Москве, Твери и ряде приграничных городов, появилась непосредственно при Спецотделе. Сотрудники радиостанций особого назначения перехватывали телеграммы зарубежных радиостанций, обеспечивая разведывательные и контрразведывательные органы ценной информацией. В частности, с весны 1924 г. началось длившееся все предвоенные годы прослушивание переговоров генерального штаба польской армии. Позднее была сформирована сеть радиостанций Особого назначения. Контроль за их работой и подбор личного состава осуществлял Специальный отдел ОГПУ

9 декабря 1927 г. в аппаратах полномочных представителей ОГПУ были учреждены специальные отделения, организовывавшие постановку секретного и шифровального делопроизводства в учреждениях, расположенных в границах представительства, учет лиц, допускавшихся к содержавшей государственные секреты информации, и т. п.

Перлюстрацией почтово-телеграфной корреспонденции занималась учрежденная 21 декабря 1921 г. служба политконтроля при Секретно-оперативном управлении. Полномочия политконтроля были шире, чем у упраздненной военной цензуры: помимо перлюстрации и отбора корреспонденции по спискам органов ГПУ-ОГПУ, сотрудники службы вели наблюдение за работой типографий, книжных магазинов, просматривали ввозимые и вывозимые йз страны печатные произведения, полиграфическую и кинопродукцию, осуществляли (с 8 марта 1922 г.) политический контроль за деятельностью театров, кинотеатров и т. п. Уже осенью 1922 г. политконтроль корреспонденции проводился в почтовых учреждениях в 120 городах РСФСР. Запрещалась перлюстрация корреспонденции ведущих партийных и государственных деятелей, органов печати и дипломатической почты.

С 21 июня 1922 г. Отдел политконтроля ГПУ-ОГПУ возглавлял Б.Е.Этингоф, с 1 мая 1923 г. - И.З.Сурта, одновременно являвшийся начальником Оперативного отдела. 1 ноября 1925 г. отдел был слит с Информационным отделом в Отдел информации и политконтроля (начальник- Г.Е.Прокофьев, с 1926 г.- Н.Н.Алексеев, с 1930 г. - И.В.Запорожец), который позднее, 5 марта 1931 г., был слит с Секретным отделом в Секретно-политический отдел.

В начале 1930-х годов служба политконтроля проверяла всю международную и внутреннюю корреспонденцию иностранцев, проживавших на территории СССР, все почтовые отправления, поступившие до востребования, корреспонденцию конкретных лиц по спискам оперативных и других подразделений ОГПУ, в период коллективизации - писем, посланных из сельской местности в армию и на флот, и т. п.

После введения в действие Уголовного и Уголовно-процессуального кодексов и прокурорского надзора Следчасть Президиума ГПУ 22 августа 1922 г. была реорганизована в самостоятельный Юридический отдел, состоявший из отделений: юрисконсультского, следственного и по надзору за следствием и содержанием в тюрьмах. В задачи отдела входили разработка законопроектов, вносимых ГПУ во ВЦИК и правительство, выдача юридических заключений на действия ГПУ, правомерность которых оспаривалась другими государственными учреждениями, предварительное следствие по делам сотрудников органов ГПУ и др. Отдел возглавил начальник прежней Следчасти В.Д.Фельдман. 16января 1924 г. Юридический отдел был ликвидирован, а производство следствия по делам сотрудников органов ОГПУ передавалось по принадлежности в соответствующие отделы ОГПУ.