Смерть Сталина вызвала большие перемены, в том числе и в органах госбезопасности. Уже 5 марта на совместном заседании ЦК КПСС, СМ СССР и ПВС СССР было принято решение об объединении МГБ и МВД СССР в единое ведомство во главе с Берией. 11 марта 1953 г. постановлением СМ СССР были назначены первые заместители министра МВД. Ими стали член ЦК КПСС бывший министр МВД генерал-полковник С.Н.Круглов, генерал-полковник Б.З.Кобулов и бывший первый заместитель Круглова в МВД, генерал-полковник И.А.Серов, заместителем по войскам - генерал армии И.И.Масленников. Все это были близкие сотрудники Берии, особенно Кобулов.

Приказом МВД СССР № 002 от 14 марта 1953 г. была утверждена структура МВД. Согласно ей были образованы 1-е Главное управление - контрразведывательное, во главе с П.В.Федотовым, (внешняя разведка вошла в МВД как 2-е Отавное управление, ее начальником был назначен генерал-лейтенант В.С.Рясной, с 28 мая 1953 г. и. о. начальника стал полковник А. М. Короткое), 3-е управление (военной контрразведки) возглавил Гоглидзе, 4-е (секретно-политическое) - бывший помощник Берии по Совмину генерал-лейтенант Н.С.Сазыкин, 5-е (экономическое) - генерал-лейтенант Н.Д.Горлинский, 6-е (транспортное) - генерал-майор П.П.Лорент, 7-е (наружное наблюдение) - генерал-майор М.И.Никольский, 9-е (охраны правительства) – генерал-майор С.Ф.Кузьмичев, контрольную инспекцию по проверке исполнения приказов министра - генерал-лейтенант Л.Ф.Райхман, 10-е (управление коменданта Кремля) - генерал-лейтенант Н.К.Спиридонов, следчасть - генерал-лейтенант Л.Е.Влодзимирский, отдел «П» (спецпоселений) - полковник В.И.Алидин. Было образовано семь спецотделов - учетно-архивный, секретной техники, изготовления документов, радио-контрразведки, изготовления опертехники, перлюстрации, Гохрана - их начальниками соответственно стали полковники А.С.Кузнецов, Н.А.Карасев, генерал-лейтенант С.С.Бельченко, полковник Л.Н.Никитин, генерал-майор В.А.Кравченко, генераллейтенант А.И.Воронин, полковник Н.Я.Баулин. Отдел «М» (мобилизационный) возглавил генерал-лейтенант Н.И.Яценко, а отдел «С» (спецсвязи) - полковник П.Н.Воронин. Войсковые управления возглавили: погранвойск – генерал-майор П.И.Зырянов, внутренней охраны - генерал-лейтенант Т.Ф.Филиппов, конвойной охраны - генерал-лейтенант А.С.Сироткин, военного снабжения - генерал-майор Я.Ф.Горностаев, военно-строительное - инженер-полковник П.Н. Соколов, службы МПВО – генерал-лейтенант И.С.Шередега. Милицию возглавил один из бывших заместителей Игнатьева, генерал-лейтенант Стаханов, архивы - генерал-майор В.А.Стыров, кадры- генерал-лейтенант Б. П. Обручников, пожарную охрану - генерал-майор Ф.П.Петровский, тюремный отдел - полковник М.В.Кузнецов. Отделом по контролю и инспектированию военизированной охраны руководил генерал-майор Г.П.Добрынин, ХОЗУ- генерал-лейтенант М. И .Журавлев. Вернулось на Лубянку со Старой площади бывшее ГУСС при ЦК КПСС, ставшее теперь 8-м, шифровальным, управлением, вместе со своим прежним начальником полковником И.Савченко. Секретариат МВД возглавил генерал-лейтенант С.С.Мамулов, секретариат ОСО - генерал-майор В.В.Иванов, оба старые помощники Берии. В коллегию, кроме заместителей, вошли Федотов, Рясной, Гоглидзе, Сазыкин, Стаханов, Обручников, Мамулов. После Берии, лично курировавшего 3-е, 8-е, 9-е и 10-е управления, следчасть, управление кадров, Контрольную инспекцию, Секретариаты МВД и ОСО, главным среди первых заместителей, был Кобулов, курировавший 1 -й и 2-й главки, 7-е управление и первые шесть спецотделов. Остальные заместители распределили между собой 4-е, 5-е управления, отделы «М», «П», «С», 7-й спецотдел, Центральное архивное управление и все хозяйственные подразделения (Круглов), 6-е управление, главные управления милиции и пожарной охраны, управление службы местной противовоздушной обороны, тюремное управление и отдел по контролю и инспектированию ВОХР (Серов). Войсками занимался Масленников.

Новый министр быстро освободился от производственно-хозяйственных структур, передав их различным промышленным министерствам, и от тюрем с лагерями, отдав их Минюсту, кроме тех, где сидели «государственные преступники». А вместо этого в состав МВД перешли до этого самостоятельные главки геодезии и картографии (впрочем, в 30-40-е годы входившие в НКВД) и по охране государственных тайн в печати, в просторечии Пгавлит, который, кроме Наркомпроса, никуда не входил. Фактический контроль ГБ над цензурой стал теперь и формальным. Возглавили новые структуры, соответственно, А.Н.Баранов и К.К.Омельченко, курировать новые главки было поручено Крутлову.

Кадровые перестановки продолжались все время. Уже в апреле вместо Мамулова, перешедшего на партийную работу в Грузию, Секретариат МВД возглавил другой постоянный сотрудник "Берии, Б.А.Людвигов, а архивный главк вместо Стырова - его заместитель, подполковник Б.И.Мусатов.

Берия особое внимание уделял разведке. Он провел очередную реорганизацию ее структуры. Большое количество резидентов и оперативных работников были отозваны в Москву для отчета о текущей работе. Некоторые из них были уволены, а агентурная сеть подвергнута массовой чистке. Было ликвидировано управление нелегальной разведки, а его функции и сотрудники переданы в линейные отделы. Также был ликвидирован и американский отдел, вместо которого был создан объединенный отдел США, Канады, Англии, Мексики и Аргентины со штатом в 24 человека. Что же касается управления Западной Европы, то оно было преобразовано в отдел.

Несколько позднее приказом МВД СССР 30 мая 1953 г. на базе Бюро № 1 МГБ СССР был организован 9-й отдел МВД СССР (проведение актов индивидуального террора и диверсий). Начальником 9-го отдела был назначен заместитель начальника 2-го Главного управления МВД генерал-лейтенант П. А. Судоплатов.

29 апреля на основе Бюро № 2 МГБ была создана Специальная оперативная группа при 1-м Главном управлении МВД, в задачи которой входил розыск заброшенных в СССР агентов-парашютистов. Ее начальником стал Герой Советского Союза полковник М.С.Прудников. Через две недели эта новая структура была преобразована в 11-й отдел того же 1-го главка.

По приказу Берии были созданы следственные группы по рассмотрению дел арестованных ранее чекистов. В результате были освобождены Райхман, Кузьмичев, Селивановский, Королев, Эйтингон, Свердлов, Шубняков, Белкин, Утехин и другие, многие из них вернулись на руководящую работу в органы. Абакумов и его люди из следственной части (Комаров, Лихачев, Леонов, Шварцман и др.) остались в тюрьме. Были арестованы бывшие заместители министра МГБ Рюмин, Огольцов и Цанава (бывший бериевский протеже). Берия ставил перед Маленковым и вопрос об аресте своего предшественника Игнатьева.

Тогда же, в апреле 1953 г., наряду с прекращением «дела врачей», был подписан приказ о запрещении применения к арестованным «мер физического воздействия», т. е. пыток.

В недолгий период бериевского руководства в МВД шла интенсивная работа. Готовилось Положение об МВД, проводилось сокращение штатной численности центрального аппарата.

Но Берия недолго находился во главе МВД. 26 июня 1953 г. он был арестован, снят с должности первого заместителя председателя Совета Министров СССР и министра МВД СССР, лишен всех званий и наград, а дело о его «преступных действиях» было передано на рассмотрение Верховного Суда СССР. В тот же день Указом ПВС СССР министром внутренних дел был назначен генерал-полковник С.Н.Круглов. 1 июля его первыми заместителями стаж И.А.Серов и секретарь ЦК КПСС Н.Н.Шаталин. Кобулов был арестован в здании ЦК КПСС, Гоглидзе - в ГДР, такая же судьба постигла Влодзимирского, Райхмана, Судоплатова, Людвигова и других, считавшихся близкими к Берии чекистов.

Тогда возникла тенденция замещать образовавшиеся в МВД вакансии партийными работниками или военными. Это говорило о недоверии руководства страны к чекистам. Например, 27 июня 9-еуправление (охраны) вместо смещенного Кузьмичева возглавил заведующий отделом Московского обкома партии К.Ф.Лунев. 30 июля он был назначен первым заместителем министра внутренних дел вместо фактически не приступившего к работе Шаталина, заместителем министра - генерал-лейтенант С.Н.Переверткин (бывший заместитель начальника главка боевой подготовки Сухопутных войск), начальником 3-го управления - член Военного совета Л ВО генерал-лейтенант Д.С.Леонов, начальником управления кадров, вместо отстраненного Обручникова- заведующий сектором отдела административных органов ЦК КПСС В.П.Петушков, и. о. начальника Контрольной инспекции - заместитель начальника политотдела погранвойск Ленинградского округа полковник А.Н.Безответных, начальником 9-го управления вместо Лунева - первый секретарь Пролетарского райкома Москвы В.И.Устинов. 4-е, секретно-политическое, управление вместо снятого с работы Сазыкина возглавил бывший начальник Специального главного управления МВД (до марта 1953 г.) генерал-лейтенант Ф.П.Харитонов, а органы на транспорте - 6-е управление, вместо также отстраненного Лорента - начальник ДТО Северо-Кавказской железной дороги полковник Н.Г.Шашков. Арест Берии немедленно отразился и на внешней разведке. 18 июля 1953 г. приказом МВД СССР новым начальником 2-го Главного управления был назначен А.С.Панюшкин. Что касается 9-го отдела МВД, то он приказом МВД СССР от 31 июля был упразднен, а его начальник генерал-лейтенант П.А.Судоплатов 21 августа 1953 г. арестован.

1 сентября Указом Президиума Верховного Совета СССР было ликвидировано Особое совещание при МВД. В сентябре же был организован 10-й спецотдел МВД, занявшийся работой на предприятиях Министерства среднего машиностроения. Его начальником стал полковник А.М.Иванов. В октябре из состава МВД был выведен Пгавлит, ставший вновь главком при Совмине.